Согласно ст. 87 ГПК РФ и ст. 87 АПК РФ, дополнительная экспертиза назначается при неполноте и неясности выводов основной экспертизы. Неполнота исследования может заключаться в анализе экспертом не всех обстоятельств дела, исследовании не всех объектов. Неясность у суда при изучении заключения эксперта может возникать из-за использования экспертом размытых формулировок, отсутствия логической связи между предложениями, а также, наоборот, при употреблении сложных специальных терминов, значение которых суду не известно, а в заключении не раскрыто. На практике такое основание назначения дополнительной экспертизы возникает не так часто.
При назначении по делу второй, третьей и более экспертиз одного вида нередко возникает путаница в их наименовании. Так, иногда повторные экспертизы называют дополнительными, назначая их при этом другому эксперту и ставя на его разрешение те же вопросы, что и на основную экспертизу. Одно и главных отличий дополнительной и повторной экспертиз является назначение первой не с целью опровержения или подтверждения результатов основной экспертизы, а с целью дополнения, уточнения, разъяснения исследования и выводов основной экспертизы.
Случаи назначения повторной экспертизы вместо дополнительной являются значительно менее распространенными, хотя не менее абсурдными. Ситуация, когда эксперт получает определение суда с назначенной ему же повторной экспертизой, довольно комична, так как согласно сложившейся практике, в случае возникновения противоречий с выводами первичной экспертизы он должен устранить данные противоречия, объяснив их суду в своем заключении.
В сложных, объемных делах, сопровождающихся многотомными материалами дела, большим количеством объектов, запутанными показаниями и объяснениями, проводится иногда несколько дополнительных экспертиз, что является в таких случаях порой неизбежным. Для решения подобных дел требуется иногда поставить ни один, ни два, а десяток и более вопросов, а при установлении новых фактов по делу или в случае неясности заключения данный перечень вопросов может быть существенно расширен, как и увеличено количество проводимых экспертиз.